Simultáneamente, la comunidad internacional está canalizando una mayor financiación a través de recursos comunes, normalmente en forma de diversos fondos fiduciarios de donantes múltiples que pueden tratar cuestiones transfronterizas (como iniciativas sobre el medio ambiente o la salud) o necesidades concretas de un país. Con este cambio de enfoque, la demanda de responsabilidad ha aumentado por parte de los donantes y los beneficiarios.

En septiembre de 2009, la Junta Ejecutiva reconoció el potencial de las contribuciones de valor añadido que UNOPS puede ofrecer para proporcionar servicios eficientes y rentables a asociados para el desarrollo en la gestión financiera.

El Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) cumple una función rectora en la administración de fondos fiduciarios de múltiples donantes en nombre del Grupo de las Naciones Unidas para el Desarrollo (GNUD). De acuerdo con la misión de UNOPS (ampliar la capacidad del sistema de las Naciones Unidas y de sus asociados), UNOPS sólo administrará fondos fiduciarios de múltiples donantes cuando ello no suponga entrar en competencia con el PNUD o las agencias especializadas de las Naciones Unidas.

Entre algunas tareas específicas, realizadas conjuntamente o por separado basadas en las necesidades de los clientes se incluyen:

• supervisar o prestar apoyo a la administración de donaciones o préstamos de donantes cuya ejecución está a cargo de autoridades nacionales o de organizaciones internacionales
• realizar evaluaciones de la capacidad de los asociados encargados de la ejecución
• asegurar la puntualidad y transparencia de los desembolsos de fondos
• apoyar el desarrollo de la capacidad nacional de ejecución
  

Algunos de los ejemplos de la gestión financiera de UNOPS incluyen:

UNOPS ha apoyado al Programa de Pequeñas Donaciones (SGP) desde su comienzo en 1992, ejecutando más de 9.000 préstamos para apoyar proyectos de conservación en 104 países. El PNUD es responsable del desarrollo global de las políticas y planes del SGP. En nombre del PNUD, UNOPS garantiza que los proyectos del SGP se realicen a tiempo y sean rentables.

UNOPS gestiona los fondos del Fondo para las Tres Enfermedades, un consorcio de donantes que incluye a la Comisión Europea y a los Gobiernos de Australia, Países Bajos, Noruega, Suecia y el Reino Unido. Su objetivo es proporcionar un programa de actividades destinado a reducir la transmisión y fomentar la atención y el tratamiento del VIH y el SIDA, la tuberculosis y la malaria para las personas que más lo necesitan. 

El Fondo Global contra el Sida, la Tuberculosis y la Malaria (GFATM por sus siglas en inglés) es un mecanismo financiero innovador establecido en 2002 para atraer, gestionar y desembolsar fondos para la lucha contra las tres enfermedades. Hasta la fecha, el Fondo ha destinado más de 15.000 millones USD al apoyo de intervenciones pioneras en la lucha contra estas enfermedades en 140 países. Como instrumento financiero, el GFATM no tiene presencia nacional y opera a través de agentes locales que se encargan de supervisar, verificar e informar acerca de los resultados de la subvención a nivel nacional. El Centro de Operaciones en Suiza (SWOC) ha servido como un agente local en escenarios desafiantes como Armenia, Azerbaiyán, Bosnia y Herzegovina, Kosovo, la ex República Yugoslava de Macedonia y Serbia.