Qu'elle soit bilatérale ou multilatérale, l'assistance aux gouvernements des pays en développement tend donc de plus en plus vers un support direct sur un plan budgétaire.

Simultanément, l'acheminement des fonds de la communauté internationale passe de plus en plus par la mise en commun des ressources.  Celles-ci prennent très souvent la forme de Fonds d'affectation spéciale multi-donateurs répondant à des problématiques transfrontalières - telles que les initiatives prises dans les domaines de l'environnement et de la santé - ou à des besoins spécifiques d'un pays en particulier. Ces changements ont stimulé de la part des donateurs, et des bénéficiaires eux-mêmes, un besoin accru de mécanismes de responsabilisation.

En Septembre 2009, le Conseil d’Administration a reconnu que l’UNOPS possède le potentiel d’apporter des contributions à forte valeur ajoutée, en fournissant des services efficaces et rentables pour les partenaires du développement dans le domaine de la gestion financière.

Le PNUD tient un rôle prépondérant dans l’administration de fonds d’affectation spéciale multi-donateurs pour le compte du Groupe de développement des Nations Unies (UNDG). En lien avec la mission de l’UNOPS- d’étendre la capacité du système des Nations Unies et de ses partenaires- l’UNOPS n’administrera des fonds d’affectation spéciale multi-donateurs qu’en l’absence de compétition avec le PNUD ou des agences spécialisées des Nations Unies.

Les tâches spécifiques, accomplies ensemble ou séparément, selon les souhaits des partenaires et clients incluent :

• Superviser et/ou soutenir l’administration de fonds de donateurs ou de prêts utilisés par des autorités nationales ou les organisations internationales;
• Procéder à des évaluations de la capacité d’exécution des partenaires;
• Assurer le décaissement opportun et transparent des fonds; et
• Soutenir le développement de la capacité d’exécution nationale.

Des exemples du travail que l’UNOPS accomplit dans le domaine de la gestion financière, comprennent :

L'UNOPS appuie le Programme de Petites Subventions du Fonds pour l’environnement mondial (SGP/FEM) depuis sa création en 1992 s’est chargeant de l’exécution de plus de 9.000 subventions pour l'appuie des projets de conservation dans 104 pays. Le Programme des Nations Unies pour le développement (PNUD) est chargé de développer la politique globale et les plans d’actions du SGP. Pour le compte du PNUD, l’UNOPS veille à ce que les projets du SGP/FEM soient achevés dans les délais et à moindre coût.

L'UNOPS remplit le rôle de gestionnaire de fonds du "Three Diseases Fund" - une initiative émanant de plusieurs donateurs en vue de réduire les souffrances humaines causées par le VIH/sida, le paludisme et la tuberculose au Myanmar. Its purpose is to resource a programme of activities to reduce transmission and enhance provision of treatment and care for HIV and AIDS, TB and malaria for the most in need populations.

Son objectif est de financer un programme d’activités destiné à endiguer la transmission, et renforcer la fourniture de traitements et de soins pour soigner le VIH/sida, la tuberculose et le paludisme pour le plus grand nombre des populations dans le besoin.

Créé en 2002, le Fonds mondial de lutte contre le sida, la tuberculose et le paludisme (GFATM) fonctionne comme un mécanisme de financement novateur ayant pour mission de collecter, gérer et allouer des fonds destinés à lutter contre le VIH/sida, la tuberculose et le paludisme. A ce jour, ce fond a déjà atteint un niveau d’investissement dans des projets cibles dépassant les $15 milliards dans 140 pays. En tant qu'instrument financier, le GFATM n’a aucune structure dans les pays mais il opère par l'intermédiaire d’Agents Locaux de Gestion de Fonds (LFAs) dont la mission consiste à superviser, vérifier et évaluer les performances atteintes au niveau de chaque pays. Depuis ses débuts, le GFATM fait appel aux Centre d'opérations en Suisse pour jouer le rôle d'Agent Local de Gestion de Fonds (LFA) dans le cadre de missions délicates, comme par exemple celles exécutées en 2007 pour combattre le VIH/sida, la tuberculose et le paludisme en Azerbaïdjan, au Kosovo, en Macédoine (ARYM), en Serbie et en Tunisie.