El Centro de Operaciones en la RDC fue establecido en 1999 y presta servicios desde su oficina principal en Kinshasa; tiene oficinas de ejecución de proyectos en Goma, Kisangani y Lubumbashi.

El Centro ayuda a sus clientes a lograr las metas de sus proyectos en los siguientes sectores clave:
Infraestructura física
Como organización líder de la ONU en cuanto a construcción de infraestructura física en entornos de consolidación de la paz, UNOPS tiene una experiencia única sobre el terreno y una red nacional e internacional de ingenieros civiles, expertos en saneamiento de agua y arquitectos disponibles con poco tiempo de antelación.
En la RDC, UNOPS representa una organización primordial para la reparación de arterias rápidas de enlace urbano mediante técnicas de mano de obra de gran densidad que permiten generar empleo local. Desde principios de 2004, UNOPS en la RDC ha reconstruido 2.000 km con fondos del Banco Mundial, el Ministerio de Desarrollo Internacional del Reino Unido (DFID) y la Unión Europea.
Infraestructura social
UNOPS en la RDC apoya los esfuerzos del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) para luchar contra la pobreza en la República Democrática del Congo (RDC) mediante la promoción del desarrollo comunitario, de las buenas prácticas en el gobierno local, de las condiciones mínimas para el desarrollo humano sostenible, de una mejor accesibilidad y calidad de la infraestructura y servicios sociales en el ámbito local, y de la reconciliación intercomunitaria y la consolidación de la paz.
En Gemena, en la provincia de Equater al noroeste de la RDC una importante asociación compuesta por varias agencias entre las que se encuentran el PNUD y el Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR), facilita el retorno de las poblaciones desplazadas y les proporciona soluciones que permitan su desarrollo humano sostenible. Estos proyectos y programas alcanzaron un número estimado de 915.000 beneficiarios entre 2004 y 2006.
Elecciones
Con financiación de la Agencia Canadiense de Desarrollo Internacional (CIDA) a través del PNUD y el apoyo de la Misión de Observación de las Naciones Unidas en la República Democrática del Congo (MONUC), UNOPS desplegó 2.250 observadores internacionales para la ida y vuelta de las elecciones nacionales en 2006.
UNOPS envió expertos a las once provincias, recopiló datos de las elecciones sobre el terreno, emitió los contenidos informativos, facilitó las acreditaciones a observadores y periodistas, produjo 1.263 manuales para observadores y formó 575 observadores internacionales de 43 nacionalidades. Estos esfuerzos sirvieron para aumentar la confianza de los votantes y candidatos en el proceso de elecciones.
Medio ambiente
La comunidad internacional apoya la conservación de la excepcional biodiversidad de la RDC. Financiada por el PNUD y el Fondo para el Medio Ambiente Mundial (FMAM), UNOPS ayuda a renovar la legislación sobre la conservación, a reformar el Instituto congoleño para la conservación de la Naturaleza (ICCN) y a fomentar la rehabilitación y la gestión comunitaria en participación de zonas protegidas. Desde 2005, el proyecto ha realizado una encuesta en las principales zonas protegidas y ha reforzado las capacidades operativas del ICCN mediante el equipamiento de 16 parques nacionales con sistemas especializados de comunicaciones y transporte.
Tras la erupción del volcán Nyragongo situado en el norte de Kivu en la parte nororiental del país, en 2002, la comunidad internacional movilizó ayuda humanitaria de emergencia para las poblaciones afectadas en la ciudad de Goma y sus alrededores. Desde 2003, UNOPS ha apoyado al Observatorio Volcánico de Goma y ha desarrollado un sistema de comunicaciones para alertar a las poblaciones más vulnerables en caso de una nueva erupción.