La sede de UNOPS se encuentra en Copenhague (Dinamarca), junto con la Oficina Regional de Europa y Oriente Medio.
UNOPS se rige por un «enfoque de las actividades», que permite coordinar las decisiones en las cuatro actividades de gestión:
El Director Ejecutivo, el Director Ejecutivo Adjunto y los directores que ejercen como responsables de todas las actividades trabajan desde la sede, gestionando el personal distribuido por todas las oficinas sobre el terreno. Estas actividades también constituyen los distintos servicios que UNOPS ofrece a sus asociados.
El enfoque de las actividades también define áreas principales, denominadas actividades de apoyo a la ejecución, que vienen determinadas por la demanda y serán objeto de un examen anual:
Los responsables de actividades para cada uno de los ámbitos de interés prioritario se encuentran en la sede de la organización, junto con el personal de actividades de apoyo a la ejecución de UNOPS, tales como jurídicas, de auditoría interna, de tecnología de la información y de comunicación.