Établi en 1995, le Centre d'opérations au Kenya gère plus de 60 projets dans 15 pays d'Afrique de l'est et australe.

Au Kenya, l'UNOPS aide ses partenaires et clients à atteindre leurs objectifs dans les secteurs clés suivant :
Gouvernance
Pour le ministère des Travaux publics et le ministère de l'Intérieur du Libéria, et avec un financement du gouvernement de Suède, Centre d'opérations au Kenya construit ou réhabilite cinq bâtiments administratifs équipés de panneaux solaires dans les comtés du Grand Kru, de River Gee, de Rivercess, de Margibi et de Montserrado.
Le projet Reconstruction et réconciliation sur base communautaire en Somalie (DBPB), conçu par le gouvernement fédéral de transition (TFG) et financé par le gouvernement italien et l'agence américaine de coopération internationale (USAID), renforce les institutions fédérales de transition (TFI) et encourage les efforts de réconciliation au sein de la population somalienne. Malgré une situation politique difficile, le projet DBPB a déjà encouragé à la réconciliation, en mettant en place des élections démocratiques aux niveaux communal et régional dans trois régions. Un tel processus est actuellement en cours dans trois autres régions.
Éducation
Travaillant en étroite collaboration avec l'UNICEF, le Centre d'opérations au Kenya a également construit le Peace School à Galkayo, sur la « Ligne verte », un complexe scolaire unique à usages multiples dans une ville somalienne divisée par les conflits entre clans depuis de nombreuses années.
Le processus de planification de la construction de cette école a permis de réunir les différentes parties en conflit en les associant aux prises de décisions grâce à la mise en place d'un Comité conjoint d'éducation communautaire. Cette école, véritable vecteur de la réconciliation, a ouvert ses portes en décembre 2007 et est composée d’enseignants et d'élèves des deux clans.
Santé
En 2007 le Centre d'opérations au Kenya a travaillé pour le compte de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) pour réhabiliter les centres ambulatoires de l'hôpital du département de Baidoa du Centre-Sud de la Somalie. Le travail, achevée en 45 jours seulement, a amélioré les services de sante dans la région de la Baie et a aidé à renforcer le processus de paix.
Actuellement, le Centre d'opérations entreprend aussi la réhabilitation des hôpitaux de Baidoa et de Galkayo, et a procédé à une étude technique de deux hôpitaux de Mogadishio qui devraient être financés en vue de leur réhabilitation en 2008 par le biais de l'Appel humanitaire inter-agences/Consolidated Appeal Process (CAP).
Environnement
En partenariat avec Wetlands International et BirdLife International, et avec un financement du Programme des Nations Unies pour l'environne- ment (PNUE) et du Fonds pour l'environnement mondial (FEM), l'UNOPS gère le projet Wings Over Wetlands (WOW) qui est la plus importante initiative de préservation d'oiseaux d'eau, et de leur habitat en zones humides, jamais réalisée dans la région Afrique-Eurasie.
Supervision des prêts
L'UNOPS supervise les prêts et veille à la bonne exécution et administration des subventions aux projets du FIDA en Afrique.
L'UNOPS veille également à la conformité des accords de financement, et établit les règles et procédures de retrait de fonds, ainsi que les passations des marchés qui s'en suivent.
Le Centre d'opérations assiste actuellement l'IFAD en Angola, au Burundi, en Érythrée, en Éthiopie, au Kenya, au Lesotho, à Madagascar, au Malawi, à l'île Maurice, au Mozambique, au Rwanda, au Swaziland, en Tanzanie, en Ouganda, en Zambie et au Zimbabwe.
Développement rural
Au Kenya, l'UNOPS couvre l'agriculture, l'élevage, le développement social et les projets de microfinance pour le Fonds international de développement agricole (FIDA) en Afrique de l'est et australe. Via une approche participative, l'UNOPS réhabilite des pistes afin d'améliorer l'accès aux marchés et des barrages d'irrigation et donc de faciliter les problèmes d'accès à la nourriture et à l'eau.